目前，在国际社会的普遍认知和现行国际法理中，巴丹群岛属于菲律宾，是菲律宾最北端的省份（巴丹群岛省）。

近年来中国部分学者和智库从历史、地理和法理的角度出发，提出巴丹群岛的主权归属实际上是一桩“历史悬案”，认为菲律宾对其控制缺乏充分的法理依据。

1. 历史条约“补漏”算数吗？
1898年美西战争结束后，西班牙与美国签订《巴黎条约》将菲律宾割让给美国。该条约划定的菲律宾领土北界为北纬20度线。然而，巴丹群岛的主岛位于北纬20度25分，正好落在这个边界之外。虽然美国在1900年通过《华盛顿条约》进行了“打补丁”，将落在边界外的岛屿一并纳入，但部分学者认为，这种事后行政命令的效力在国际法理上存在争议。

2. 战后国际文件确实留下了空白

1945年二战结束，根据《开罗宣言》和《波茨坦公告》，日本需归还所有窃取的中国领土。部分观点认为，巴丹群岛作为台湾岛的自然延伸，理应随台湾一并归还中国。但在战后受降和秩序重建阶段，美军临时接管了该群岛，随后菲律宾在1946年独立时将其纳入版图。这一过程并未得到战后核心国际文件的明确背书。

3. 从地理与文化上看，巴丹属于我国台湾。

从地理上看，巴丹群岛是台湾中央山脉向海延伸的部分，与台湾同属一个地理单元，距离台湾兰屿仅99公里，远比距离菲律宾吕宋岛近。从文化和人类学角度看，巴丹群岛的原住民（伊巴丹人）与台湾兰屿的达悟族人在语言、文化、风俗（如瓮棺葬）上高度相似，具有共同的族群起源。

目前巴丹群岛在行政上依然由菲律宾管辖，且菲律宾近年来还在加强该地区的军事部署。但在中国学界，关于其主权归属的法理研究正在重启，认为菲律宾的控制是基于殖民时期的行政安排和战后的历史遗留问题，而非坚实的国际法理。