植物神经紊乱最坏的后果可不少。在心血管系统，可能会出现心悸、胸闷，血压波动大，甚至有“假性心绞痛”。长期紊乱还会加重高血压、冠心病，糖尿病患者易有无症状心肌缺血。老年人血管弹性差，症状易被忽视，可能延误心脑血管事件的干预。
消化系统方面，腹胀、反酸、便秘或腹泻交替是常事，儿童还会频繁恶心呕吐。孕妇会加重胃肠不适，长期影响营养吸收；老年人易营养不良，免疫力降低。
精神心理上，会有持续性焦虑、情绪低落，甚至惊恐发作。注意力不集中、记忆力减退也很常见，青少年可能因学业压力和紊乱，发展成慢性问题，严重影响生活和工作。
