蒙古族统治者为加强其思想统治，提倡多种宗教。少林寺的地位随之明显提高，被称为祖庭、大少林寺。元明之际，一些大德高僧不仅在宗教界享有威望，而且也是政坛要人，被授予很高的封位。至元八年（1271年）春，世祖下诏天下的佛家弟子集于京师，其中三分之一的僧人是裕公禅师的嗣法者。元初在寺内重建的大型建筑主要有转轮藏阁（后改作鼓楼），今此阁内巨型雕花柱础、局部雕花前檐柱以及刻有元代纪年的后檐柱等。元代少林寺下院二十三所，少林寺僧达二千人之多，在历史上是空前的。众多弟子出任各地的僧官。元末红巾军四起，天下大乱，少林寺僧大多逃难，会食者二十余钵，只剩老弱残者二十多人。 明代初年，少林寺僧对遭受元末战火破坏的寺院进行了大规模的整修，如千佛阁、立雪亭、六祖殿、紧那罗殿、法堂、钟楼等。另外，明代还修建了众多佛塔。在塔林中，明塔多达140余座，居历代之冠。明洪武初年（1368年）子定再次前往少林寺。一年后僧众渐渐回寺，已达五百多人。1321年至1391年，松庭接替子定任少林寺住持，后被朝廷任命为河南府僧纲司都纲（从九品）。1641年，李自成义军攻占登封县城，少林寺遭到破坏。
