公元 399 年深秋，浙江上虞的海岸突然响起呐喊。一个名叫孙恩的道士带着百余名追随者登陆，没几天就杀进会稽郡城，把王羲之的儿子、太守王凝之砍了脑袋。谁也没想到，这场看似仓促的起事，竟让东晋王朝差点提前几十年亡国，更意外捧红了一位从底层崛起的开国皇帝。

东晋末年的江南早已是火药桶。北方士族南迁后霸占了三吴地区的良田沃土，老百姓要么当佃农被盘剥，要么沦为奴客任人驱使，而朝廷还把所有赋税都压在这片土地上。399 年，会稽王世子司马元显突发奇想，要把 “免奴为客” 的壮丁都抓来当兵，美其名曰 “乐属”。

这道命令彻底炸了锅 —— 佃农不愿卖命，地主也舍不得损失劳力。躲在舟山群岛的孙恩瞅准了机会。他家世代信奉五斗米道，叔父孙泰原本靠传教聚集了大批信众，却被朝廷以谋反罪名杀害。孙恩带着残部逃到海上，早就等着复仇的时刻。

借着宗教号召力，孙恩振臂一呼，会稽、吴郡等八郡百姓纷纷响应。旬日之间，起义军就膨胀到数十万人，孙恩自称 “征东将军”，把队伍叫做 “长生人”，所到之处焚烧士族庄园，斩杀门阀子弟，连谢安的儿子谢琰都吓得弃城而逃。

东晋急调北府军猛将刘牢之镇压，可孙恩的战术堪称诡异。他从不与官军硬拼，打不过就带着部众登船退走，等官军松懈了又突然登陆反扑，把沿海郡县搅得鸡犬不宁。

400 年五月，孙恩卷土重来，在邢浦大败晋军，直扑会稽。这次谢琰亲自出战，却被起义军杀得大败，自己也死在帐下督将手里。消息传到建康，晋孝武帝吓得连夜召集群臣议事，连皇宫守卫都换成了禁军精锐。

最惊险的是 401 年那次北伐。孙恩带着十万大军、千艘楼船直奔丹徒，这里离建康只有几十里水路。建康城内人心惶惶，富户纷纷收拾金银逃难，朝廷甚至打算迁都。可就在这关键时刻，起义军的楼船遇上大风延误了行程，等赶到时，刘裕已经带着援军昼夜兼程赶来救援。

此时的刘裕还只是刘牢之麾下的小参军，没人能想到这个出身寒微的汉子会改写历史。在海盐之战中，他带着几十人侦察敌情，突然撞上数千起义军。部下吓得要逃，刘裕却挥舞长刀直冲敌阵，硬是杀得敌军溃散，自己身上溅满鲜血却毫发无伤。

这不是他第一次创造奇迹。被起义军围困时，他故意大开城门，让士兵偃旗息鼓，等敌军进城后突然关门打狗；夜里又在城外插满旗帜、敲响战鼓，吓得敌军以为援军已到，天亮时发现竟是空营。刘裕的部队纪律严明，所到之处秋毫无犯，跟孙恩军的烧杀抢掠形成鲜明对比，越来越多百姓愿意依附他。

402 年，穷途末路的孙恩进攻临海，被太守辛昺击败。看着身边仅剩的残兵，他知道大势已去，纵身跳入海中自杀，数百信徒跟着他一起投水，上演了一场悲壮的 “升仙” 闹剧。

孙恩死了，但乱局还没结束。他的妹夫卢循接过了起义军的大旗。这位出身名门范阳卢氏的读书人，比孙恩更有谋略。他先是接受朝廷任命当了永嘉太守，暗中积蓄力量，等刘裕率军追击时，干脆带着部众沿海南下，一口气攻占了广州。

在岭南的五年里，卢循把番禺经营成了稳固的根据地，还派使者向朝廷进贡。东晋刚平定桓玄之乱，根本无力南征，只好顺水推舟封他为广州刺史。可卢循从没放弃过北上的野心，只是在等一个机会。

409 年，机会来了。刘裕亲自率军北伐南燕，建康兵力空虚。卢循的姐夫徐道覆连夜赶到番禺劝他：“刘裕远在北方，现在打建康如探囊取物。等他回来，我们就再也没机会了！” 卢循被说动，立刻下令造舰起兵，十几天就造出了大批楼船，沿着赣江直扑长江。

410 年三月，徐道覆在豫章大败晋军，江州刺史何无忌战死。消息传来，建康再次戒严。刚灭了南燕的刘裕星夜南归，回到建康时身边只有几千残兵，而卢循的大军已经有十几万人，楼船高达十二丈，遮天蔽日地驶向石头城。

关键时刻，刘裕展现了惊人的镇定。他下令加固城墙，把所有能调动的兵力都派到要害之地，还亲自登上城楼督战。卢循本想速战速决，可连续攻城都被打退，士气渐渐低落。徐道覆劝他分兵进攻江陵，卢循却犹豫不决，错失了战机。

等刘裕的援军陆续赶到，战局彻底逆转。起义军在查浦、丹杨等地接连战败，只好顺着长江南逃。刘裕一路追击，在苍梧、郁林连败卢循，最终把他逼到了交州。411 年，走投无路的卢循投水自杀，这场持续十二年的大乱终于落幕。

这场战乱让东晋门阀士族遭受重创，谢琰、何无忌等名臣战死，北府军的控制权落到了刘裕手里。他凭借平乱积累的军功和威望，一步步掌控朝政，最终取代东晋建立刘宋王朝。