清朝统一台湾后，关于是弃还是守，朝廷上下展开了激烈的争论，这场争论关系到后来的台湾的命运。当时大多数人主张放弃，比如曾经主张一定要统一台湾的李光地，他认为，“空其地，任夷人居之而纳款通贡，即为贺兰（即荷兰）有，亦听之。‘这种主张如果实现了，那还了得！台湾可能会成为藩属国，但迟早必定会成为荷兰或者别的西方殖民者的殖民地。
当时，清朝天下初定，很多大臣觉得台湾远隔大海，难于防守，守台湾只会劳民伤财。这时施琅站了出来，坚决主张守住台湾，他提出了四个理由：
一台湾的战略位置非常重要，“乃江浙闽粤之左护”；
二自然资源丰富，“野沃土膏，物产利溥”；
三易为乱薮，就是说这个地方容易隐藏不法分子，“纠党为祟，造舟制器，剽掠滨海”；
四是易为它国侵占，特别强调如果弃了台湾，殖民者必然会来，那可是“种祸后来，沿边诸省断难晏然无虞”。
最后的结论就是：弃之必酿成大祸，留之诚永固边圄。姚启圣，李蔚等人也力主防守，不可弃之。
康熙最后决定：只要几十年可保无事，就不当放弃！于是设台湾府，下辖三个县，属福建省，澎湖设巡检司，台湾澎湖均派兵驻扎守备，至1684年春始，各官陆续就任，从此，台湾编户籍，定赋税，通商贾，兴学校，正式归于清朝中央政权的行政管辖之下。
所以说，对于统一台湾和治理台湾，施琅之功永垂青史，而康熙的决断也是他在位期间的重要功绩。可以说，没有他们的远见卓识，中华疆域将会少了一个重要组成部分，而且后患无穷！