朱棣称帝后，小舅子徐辉祖拒绝臣服，将自己关在祠堂，跪在父亲徐达牌位前哭泣。朱棣大怒，对皇后徐氏说：“我是真想杀了你弟弟。”话虽如此，可朱棣还是手下留情了。 1402年夏天，经过四年内战，朱棣的军队攻占南京。建文帝朱允炆在混乱中失踪。朱棣随后登基成为皇帝（明成祖），改下一年年号为永乐。政权更替时，许多官员都归顺了新皇帝。但继承魏国公爵位的徐辉祖没这样做。他带着家人躲进自家祠堂，长久跪在父亲徐达的牌位前痛哭。这是他公开表示拒绝承认朱棣的皇位。 徐辉祖的身份和地位全靠他父亲徐达的功劳。徐达是跟随明太祖朱元璋打天下的主要将领，在打败南方对手（陈友谅、张士诚）和北伐占领元朝大都（北京）的战斗中功劳最大。朱元璋非常信任他，称他是国家的“长城”。徐达1385年去世后，长子徐辉祖按照制度承袭了魏国公爵位。朱元璋对徐家格外优待，在徐辉祖成年时赐给他“金书铁券”（一块铁制的免死牌，只要不谋反，犯了死罪也能免除）。同时任命他为中军都督府左都督，掌管守卫南京皇宫和京城的军队，权力很大。 徐辉祖和朱棣的亲戚关系是因为徐辉祖的姐姐徐氏。1376年，朱元璋亲自把徐氏嫁给当时十七岁的燕王朱棣做王妃（朱棣登基后她成为徐皇后）。这是为了加强北部边防，让徐家的军事力量和镇守北平的朱棣结盟。朱棣就成了徐辉祖的姐夫。后来朱棣去北平管理边防时，徐辉祖因为朝廷公务曾多次去过北平，两人有工作上的来往。 朱元璋在1398年去世，他的孙子朱允炆继位成为建文帝。新皇帝登基不久就开始削弱各地藩王的势力。周王、湘王、齐王等藩王先后被废。当时朱棣的三个儿子恰好在南京。朝廷官员讨论时，徐辉祖向建文帝提出建议：“朱棣的二儿子高煦性格凶暴，品行又差。如果把他扣在南京做人质，可以牵制朱棣。”这清楚显示出他对朱棣势力的警惕。但建文帝担心激怒朱棣，还是放他的三个儿子回了北平。仅仅一个月后（1399年7月），朱棣就在北平起兵反抗朝廷，史称“靖难之役”。 战争开始后，建文帝派去镇压的军队连续战败，缺乏有经验的将领。这时有魏国公爵位又掌管京城军队的徐辉祖就成了重要的统帅。他发现朱棣带兵远离后方，补给线很脆弱，就多次安排袭击运送粮草的队伍。1401年冬天在山东济宁，徐辉祖亲自带兵埋伏，成功袭击了一支运送粮食的朱棣部队，杀了约四千名押送士兵，烧掉两千多车粮食。这次大胜让朱棣军队缺粮，不得不撤退回北平。朱棣为此非常恼火。 1402年6月，朱棣听从谋士建议，绕开山东防线，快速南下占领扬州，直逼南京城。南京守将李景隆和谷王主动打开城门投降。建文帝失踪。在京城沦陷的时候，徐辉祖没有逃跑也没投降。他带着府里家丁退进祠堂，祠堂里供着他父亲徐达的牌位和朱元璋赐的免死铁牌。朱棣三次派人来召他进宫，徐辉祖每次都是身穿重孝衣服（如同为父亲办丧事），双手捧着徐达的画像，坐在祠堂里不动，拒绝听从命令。这种公开反抗的行为激怒了朱棣，他立刻下令逮捕徐辉祖。 负责审判的大臣（如陈瑛）写报告说：“徐辉祖跟随伪朝廷，杀害我们的士兵，烧毁军用物资，这是大逆不道的死罪，应该处死。”朱棣正打算批准，他的妻子徐皇后听说了，披头散发、光着脚跑到皇帝面前跪下，哭着请求：“我弟弟犯了大罪，确实该死。但请皇上想想，我们的父亲徐达当年跟着太祖打天下，立下大功劳。如果现在杀了他的儿子，太祖皇帝在天之灵会不安，也会让功臣们寒心啊！皇上如果一定要杀他，我就死在这里！”同时朱棣得知，徐辉祖在狱中墙上刻了“开平忠裔”四个字（表明自己是开国功臣忠良的后代）。想到徐达的功劳和皇后的求情，朱棣改变主意，写下最后判决：“徐辉祖抗拒皇命，按罪该死。但念在他父亲徐达开国的巨大功劳，特别饶他不死。取消他魏国公爵位和所有俸禄，终身关押在自己家里，永远不准出门！” 判决立即执行。徐辉祖被剥夺全部身份，押回原来的府邸。官兵在府外严密封锁，大门钉死，所有门窗封上，日常饮食从墙上凿的小洞递进去，断绝与外界的所有联系。这样被严密关押了四年后，1407年秋天徐辉祖病重（据记载是严重的肺病），因为没有得到及时医治，在关押他的地方去世。朱棣只吩咐用平民的礼节安葬，禁止举行任何祭奠活动。 朱棣对徐家其他事情的处理比较宽容： 父亲徐达的地位没有变动：徐达牌位还在朱元璋的皇家祖庙中供奉，位置没变。 亲属没有受牵连：徐辉祖的弟弟徐增寿（在战争中秘密为朱棣送情报，被建文帝发现后当场杀死）被朱棣追封为“定国公”，爵位由子孙继承。 爵位恢复继承：1419年，朱棣下令，让徐辉祖的长子徐钦重新承袭魏国公爵位，徐家又成为世袭贵族，继续担任南京守备等重要职位。
