在清朝时期，新疆是一个政治和社会情况相对混乱的地区。这片地域包含了许多不同的族群和宗教团体，其中涵盖回族、维吾尔族、哈萨克族、柯尔克孜族等多个民族。 这些群体之间存在着较大的文化、宗教和政治差异，使得新疆的治理和统一变得十分困难。 新疆地处中国的西北边陲，经常遭受来自外部的入侵和侵略，这也给当地的政治和社会稳定带来了很大的挑战。 清朝末期，西北地区的政治混乱和暴力事件不断。特别是1864年，新疆地区的政治局势日趋混乱。 多年来，各种政治实体在这个地区相继兴起，不断互相斗争。 其中，阿古柏是一个控制了南疆大部分地区的强大势力，他的势力逐渐扩大，威胁到了整个新疆地区的安定和统一。 除此之外，英、俄等列强在中亚地区争夺利益，试图通过在新疆地区的影响力来扩大自己的势力范围。 他们积极支持各种政治实体，在新疆地区设置自己的利益点，威胁到了清朝政府在该地区的主权和领土完整。 为了维护中国的领土完整和主权，清朝政府派遣左宗棠前往新疆，清剿阿古柏势力，并防止外国势力在新疆扩张。 于是，左宗棠被任命为新疆的钦差大臣，负责安抚、统一和重建新疆。 作为清朝的一名高级将领，左宗棠在当时已经证明了自己的能力和才干。他在太平天国起义中表现卓越，屡次挫败太平军的攻势，备受清廷的信任和器重。
根据新疆的地理特点和敌我态势，左宗棠制定出收复新疆的战略方针——“先北后南”、“缓进急战”。 由于新疆地处偏远，人口稀少，农业生产有限，左宗棠极为重视对西征军的后勤保障，亲自组织筹措口粮、采办和转运，为了保障西征计划的顺利实行，西征军总兵力约六七万人，由刘锦棠总理行营营务。 左宗棠对于与其他政治实体的合作也非常重视。他了解到当地汉族地主和回民的存在，他认为他们可以为清军提供重要的帮助。 于是，他与他们建立了联系，让他们在地方上协助清军。这些地主和回民可以为清军提供粮食和马匹，帮助清军加强后勤保障。 这些地主和回民在当地有着重要的社会地位和影响力，他们可以在当地帮助清军拉拢更多的人来支持他们的行动。 左宗棠还与当地的和卓政权达成了协议。和卓政权是当时新疆地区的另一个政治实体，他们曾经与阿古柏势力合作。 但是，左宗棠成功地说服了他们，让他们认识到阿古柏势力的危害，并与清军合作共同消灭阿古柏势力。 这使得清军得到了重要的支持，使得他们可以更加轻松地消灭阿古柏势力。 1876年4月上旬，左宗棠由兰州调驻肃州。此刻，西进的军队先头部队已经到达新疆哈密、巴里坤和古城周围地区。 在八月中旬，刘锦棠和金顺带领他们的部队攻占了古牧地区，歼灭了五千余人，并成功收复乌鲁木齐。 11月初，清军攻陷玛纳斯南城，稳定了北疆地区的局势。这时正值严冬季节，大雪封山，清军在原地休整和筹备口粮，以待再战。 1877年4月，左宗棠指挥清军分成三路进攻南疆：刘锦棠部由乌鲁木齐南进攻达坂；张曜部由哈密向西进攻；记名提督徐占彪部由巴里坤向盐池进发，与张曜部会师后联合攻打辟展和吐鲁番。 至月底，清军先后攻下达坂、托克逊、吐鲁番等地，掌控南疆要道，为实现全面胜利创造了有益局势。于是阿古柏感到沮丧自杀，其子海古拉带领残部西逃，并妄想在英俄两国的保护下进行最后的抗争。 左宗棠揭发了英国的“调停”阴谋，决心继续向西征进。 10月，以刘锦棠为首的西征军千里驰骋，以令人震惊的气势夺回南疆东四城——喀喇沙尔、库车、阿克苏和乌什三地，以及南疆西四城叶尔羌、英吉沙尔、和阗和喀什噶尔这些对立势力，相继解体瓦解，有的还自愿投降清军。 在1877年12月中旬，清军连续收复了南疆西四城。因此，除了遭受沙俄占领的伊犁地区，整个新疆都重新归入了祖国的怀抱。 1878年初，左宗棠督军北返，由甘肃嘉峪关进入河西走廊，绥远总督李鸿章率兵亲征，两路会师青海湖畔，清军一举攻下陇右诸州和青海。 西北各族群众的反抗虽然给清军的战斗带来一定的困难，但是清军在战术和战略上的灵活应对和较强的实力优势，在左宗棠的领导下，清军逐步消灭了阿古柏势力，夺回了北疆大部和南疆，挫败了英、俄吞并新疆的阴谋。 这场战争的胜利不仅恢复了中国对新疆地区的主权，也为中国的统一和稳定做出了重要的贡献。
