这个叶若夫在1936年9月26日接手了内务人民委员部的工作，从那以后苏联的安全机构就开始大规模运转起来。他之前已经在中央层面参与过干部审查和纪律检查，到了这个位置上直接负责起肃反的具体执行。1937年5月，针对军队高层的行动展开了，图哈切夫斯基等一批红军将领在那个月被捕，6月11日经过特别军事法庭审理后被处决。这件事成了当时肃反在军事系统里的一个重要节点，牵动了不少相关人员的处理。

紧接着，1937年7月30日他签发了内务人民委员部第00447号命令，这个命令针对前富农、刑事罪犯和其他反苏分子设定了行动框架，要求各地建立三人小组来快速审理案件。命令下发后，各地安全部门按照要求组织了逮捕和审判程序，三人小组在当地会议室里审阅材料，决定处理结果，然后上报执行情况。

这样的运作方式让肃反从党政高层扩展到更广泛的范围，涉及党政军各个领域的人员。莫斯科审判系列也在这个阶段继续进行，1937年1月和1938年3月的几次公开审理中，前任安全机构负责人和一些党政高层被带上法庭，案件审理过程按照既定程序完成定罪和判决。

在整个1937年到1938年期间，叶若夫主持了多项中央指令的落实，协调各地上报的案件名单，批准追加行动指标，推动肃反工作在全国范围内的推进。内务人民委员部大楼里每天都有大量报告送来，他负责批示和跟进这些材料的处理，确保从逮捕到审判再到执行的环节连贯进行。

地方上的三人小组按照中央要求，对成批的档案进行审查，快速作出判决，执行地点分布在莫斯科周边和其他地区。肃反行动还包括对前反对派成员和各类被认定为反苏分子的清理，过程通过文件指令和组织会议的方式层层推进，没有停顿。

叶若夫在担任国家安全总委员期间，继续强化对安全机构的直接指挥，调整下属部门负责人，召开会议部署具体任务。这些工作让肃反成为当时最主要的日常运作内容，覆盖了从中央到地方的多个层面。1938年上半年，行动还在持续，三人小组的审理节奏保持稳定，大量案件按照命令要求得到处理。到了1938年11月25日，他被免去内务人民委员的职务，只保留了水运人民委员的职位，这个调整标志着他在安全机构的核心权力开始收缩。

1939年4月10日，叶若夫本人遭到逮捕，被押送到监狱接受调查。在审讯阶段，他按照程序作出陈述，承认自己是德国间谍、托洛茨基阴谋集团成员，并参与了针对斯大林的谋杀计划。这些供述形成书面记录，他先后在多份材料上签字确认。1940年2月4日，经过闭门审理后，他被判处死刑并执行枪决，整个过程与他之前负责的许多案件审理方式保持一致。

从1936年9月他接管内务人民委员部开始，到1938年11月职务调整，再到1939年4月被捕和1940年2月4日被处决，这段时间里肃反工作形成了完整的运作链条。叶若夫通过签发命令、建立三人小组和协调执行环节，直接推动了这些事件的进展。1937年7月30日的00447号命令是其中一个关键节点，它把行动指标落实到各地，形成了系统性的处理流程。图哈切夫斯基案件则展示了军事系统里的具体操作，从逮捕到法庭审理再到判决执行，都在短时间内完成。

肃反期间的莫斯科审判系列也体现了当时案件处理的模式，涉案人员被依次带入法庭，按照指控内容进行审理，最终作出判决。这些审判和大规模行动交织在一起，构成了1937年到1938年肃反的主要内容。叶若夫在办公室里审阅各地送来的报告，批示处理意见，确保指令从中央传达到基层。地方安全部门接到命令后，组织人员开展逮捕和搜查，然后将人员移交三人小组审理。三人小组由当地安全、检察和党委代表组成，他们在会议中逐案审查材料，决定第一类或第二类处理方式，然后上报中央备案。

这样的运作让肃反覆盖面不断扩大，党政干部、军队将领和普通民众中的各类被认定人员都卷入其中。1938年11月25日职务调整后，叶若夫的活动范围缩小到水运事务，但肃反的余波还在继续处理。1939年4月10日逮捕后，针对他的调查沿用了类似程序，先是收集材料，然后进行审讯，让他作出详细陈述。1940年2月4日的执行，结束了他在肃反体系中的角色，也让整个周期画上句号。

叶若夫个子不高，但他在1936年9月到1938年11月这段时间里掌控着安全机构的日常运作，通过一系列命令和组织形式把肃反推向高潮。00447号命令签发后，各地三人小组的设立成了执行的关键，三人小组定期开会，审阅成堆的案件档案，快速作出判决并组织实施。军事领域的清理从1937年5月开始，图哈切夫斯基等人的案件在6月11日得到处理，此后类似行动在军队内部延续。党政高层的审理则通过莫斯科的几次审判体现出来，1938年3月的庭审中包括前任安全负责人等人物被定罪。