高考生报考国家专项计划虽能提供升学机会，但也存在诸多局限性，主要体现在专业选择、就业限制、竞争压力、地区发展不平衡及资源分配不均等方面。

专业选择受限是国家专项计划最显著的局限性之一。高校在国家专项计划中提供的专业数量通常较少，且多为基础学科或冷门专业，热门专业如计算机、金融等开放名额极少。例如，北京大学在国家专项计划中仅开放11个专业，且每个专业仅招收1-2人；四川大学在河北省的国家专项计划仅提供7个专业，多为法学、土木工程等非热门领域。这种专业限制可能导致学生被迫放弃兴趣方向，影响未来职业发展。

就业限制条款是另一大挑战。部分专项计划要求学生毕业后返回生源地或指定地区工作，服务期通常为3-5年，违约需退还学费补贴或计入征信系统。例如，云南大学要求专项毕业生在基层服务满6年，甘肃省专项毕业生平均起薪较普通批低31.5%。这种限制可能束缚学生的职业选择自由，尤其对于计划跨省发展或进入高薪行业的考生而言，影响显著。

竞争压力同样不容忽视。尽管国家专项计划提供降分录取机会，但报考人数众多，尤其是优质高校和热门专业的竞争异常激烈。例如，华中科技大学2023年国家专项录取线仅比普通批低20分，但超一本线145分，踩线考生易成“陪跑者”。此外，部分普通院校可能出现“专项线高于普招线”的倒挂现象，进一步加剧竞争。

地区发展不平衡与资源分配不均也是长期问题。国家专项计划仅覆盖部分贫困县，仍有大量贫困地区学生无法受益；同时，专项计划可能加剧优质高校资源向贫困地区倾斜，影响其他学生的入学机会。