1989年，在东京新树区国立预防卫生研究所的工地上挖掘出来大量的人骨，令人毛骨悚然的是，这些人骨是在731部队等细菌作战部队的管理机关，防疫研究室所在的陆军军医学校的旧址出土的。
 
1989年7月22日，施工工人在挖土作业的时候，一层层泥土下面陆续翻出骨骼，最先发现几块头骨之后，工地马上暂停施工，把现场保护起来，参与施工的人员看到这些骨头，心里都觉得不安，没有人想到，在城市的研究所工地地下，会埋着这么多零散的人体骨骼。
 
当地请来研究人员到现场清点收集，把挖出来的骨骼全部收拢登记，把骨头拼合清点之后，估算对应的人数超过62人，大部分遗骨属于青壮年，不少骨骼上面能看见锯开、钻孔和砸裂留下的印记，说白了就是骨头受过人为的加工处理。
 
日本新宿区找到札幌大学的佐仓硕教授，对这批出土人骨做专业鉴定，鉴定报告写明，这批骨头属于蒙古人种，骨骼上的锯痕、钻孔痕迹，是在人离世之后，人为在头骨部位操作留下，这批骸骨是当年军医学校留存下来的人体标本。
 
这片旧址在战争年代，是陆军军医学校，石井四郎当年就在校内设立防疫研究室，当年有一部分人体标本，会装进铁桶和木箱，从中国哈尔滨运送到这所军医学校保存使用。
 
1990年，日本当地关心这件事的普通人，组建调查军医学校旧址人骨问题协会，协会的成员常年和日本厚生劳动省沟通交涉，想要查清这些死者是谁，找到死者家属，把遗骸交还回去，一点点推动公开当年留存的调查笔录。
 
厚生劳动省在2001年对外发布一份报告，认定这批人骨是1945年8月之前，陆军军医学校留存的人体标本，但报告同时写明，现有材料没办法完全确定骸骨的来源，不能直接下定论这批遗骨全部和731部队相关。
 
2006年，两名曾经在陆军军医学校上班的红十字会护士出面作证，她们回忆，当年亲眼见过在这片区域掩埋人体标本，这份证词，让民间团体拿到新线索，继续要求日本政府公开更多当年和军医学校相关的问询记录。
 
三十多年的交涉之后，到2023年9月至2024年3月，厚生劳动省陆续向民间团体公开当年问询原军医学校工作人员的调查记录，记录里面写明，这批在新宿出土的人骨，全部是经过人为加工的尸体标本。
 
2024年7月，这个民间团体对外公布，依据拿到的官方记录和多位证人证词，确认1989年新宿工地挖出的人骨，和侵华日军731部队存在关联，当年战争结束之后，这些标本就被就地埋在研究所这片土地之下。
 
直到现在，这批出土的人骨依旧存放在国立感染症研究所园区内，三十多年来回的沟通和查证，只揭开一部分事实，还有很多遗骸主人的身份信息，依旧没有查清楚，没有办法把这些遗骨送还给他们的亲人。
 
这件事从工地挖出骸骨开始，经过骨骼鉴定、证人取证、民间团体常年跟进交涉，一步步拿到尘封多年的内部记录，这些埋在东京地下的骸骨，把当年细菌战相关的人体标本往事，重新摆在世人眼前。