“和平”口号与“拒统”实质的背离：他提出的“不统、不独、不武”，被视为将“维持现状”异化为“永久拒统”的护身符。其“和平民主统一”论也被批评是为统一设置“民主化”等前提，核心目的是以“和平”之名行“拒统”之实。
· “一中”表态与“独台”操作的矛盾：他在两岸交流中强调“九二共识”，但又以“中华民国”自居。这种将两岸定义为“对等实体”的说法，被批判为在法理上掏空“一个中国”原则的“独台”路线。
· “和平缔造者”形象与放任“台独”的讽刺：尽管其任内两岸关系和平稳定，但前“国安会秘书长”苏起指出，这种“安全感”反而让岛内支持“台独”的比例提高。同时，他任内未纠正“去中国化”教育，被认为是变相为“台独”铺路。
· 执政的“软”与卸任的“秀”：他执政时回避政治协商、持续对美军购。卸任后虽高调访陆呼吁和平，但在面对“台独”挑衅时却未以“一个中国”原则正面反击。这种反差，被一些人批评为“经济靠大陆，政治拒统一”的双面手法。总而言之，马英九在两岸关系上的言论与行动存在明显落差。他虽然口头上追求和平，但其政策在客观上阻碍了统一进程，甚至为“台独”势力的发展提供了空间。这种“要和平红利，不付统一成本”的实用主义，正是其“真诚”受到广泛质疑的根本原因。