翁同龢被逐出政坛，主要分为两步走。
第一步是戊戌变法开始后的第四天，光绪帝亲自下的旨，旨意说：
“协办大学士翁同龢近来办事多不允协，以致众论不服，屡经有人参奏，且每于召对时咨询事件，任意可否，喜怒见形于词色，渐露揽权狂悖情状，断难胜任枢机之任，本应察明究办，姑念其毓庆宫行走有年，不忍遽加严遣，翁同龢著即开缺回籍，以示保全。钦此。”
光绪帝还是有所保留的，毕竟他与翁同龢朝夕相处近二十年，情同父子。
而且光绪帝也没有把事情做绝，只是“开缺”，日后可能还有机会东山再起。
第二步是戊戌政变发生后不久，慈禧亲自下的旨，旨意内容为：
“著即革职，永不叙用，交地方官严加管束，不准滋生事端，以为大臣居心者戒”。
这一回事态就严重了，永不叙用倒是其次，关键是后面两句。
所谓的“交地方官严加管束”，是指翁同龢立朝四十余年，对于帝后之间的宫闱内幕了解太多，慈禧此举就是剥夺他的言论自由。
所谓的“不准滋生事端”，是指翁同龢门生故吏满天下，他的学生部属遍布朝野内外，影响很大，他的言论动关朝局。
慈禧禁止他与一切官员来往，不准他干出不利于慈禧“训政”的任何活动，此举是剥夺了他的人身自由。
老翁在家的那几年始终处于惶恐之中，据说他随身携带一把剪刀，又在家中挖了一口深井，以便随时自裁。
所幸慈禧并无杀他之心，就是日子过得实在憋屈。