1949年6月，蒋介石从台湾飞到福建召开军事会议。西北军将领吉星文表示要带着部队去河南打游击，蒋介石不同意认为吉的部队家眷太多，这真是一个敢说，一个敢信。

自从何基沣和张克侠在淮海战役中率领第59军和第77军在贾汪起义后，蒋介石对于西北军越来越不信任。但直到渡江战役后，仍旧有一大批西北军将领带着部队向南撤退，这导致蒋介石一方面担心这些部队会叛变，一方面也不得不使用这些部队。

原本第59军和第77军应该在国民党军队中被除名，但蒋介石顾及两部前身是打响全面抗战第一枪的第29军，于是命令吉星文重新组建第77军。1949年3月，第77军在浙江汤溪重新成立，由吉星文担任军长，5月改称为第125军。由于国民党兵败如山倒，第125军一路退到福建。

作为西北军的吉星文部，根本无法在南方招募部队，该军因兵力不足被缩编为第360师，不久后改番号为独立第37师，驻防福州，归福建绥靖公署直接指挥。

蒋介石为了安抚吉星文，就对他说：“你的
部队原是冯治安的一点底子，应好好保存下来，因张自忠总司令在世时对国家有过功劳。你部现在调往闽南，归刘汝明指挥。”

深知国民党军队是大鱼吃小鱼的吉星文顿感不妙，就直言不讳的对蒋介石说：“恐怕刘司令官会吃掉我的部队。”蒋介石则保证说：“我会关照你的，有困难可立即电告我。”

然而没等刘汝明吃掉独立第37师，解放军就打了过来，该部在漳州一带溃散，残部逃到厦门后被编入曹福林的第55军。

吉星文于1949年9月抵达台湾，因手里已经没有部队了，就安排了一个东南长官公署少将高参的虚职。但和大多数败退到台湾、手里又没有军队的将领不同，吉星文并没有选择退出军界，而是决定继续深造学习。

1955年1月，吉星文担任澎湖防卫部副司令，又于1957年担任金门防卫部副司令。就在吉星文一步步高升，前途一片光明的时候，命运发生了转折。

在八二三炮战前的一个月，吉星文由于旧伤复发已经准备在台湾进行手术，但金门前线吃紧，匆忙回到金门。8月23日下午3点，吉星文被解放军的炮弹炸成重伤，因出血过多死在医院里，后被国民党军队追赠为二级上将。

吉星文因卢沟桥抗战，在国民党方面的评价极高。但在何基沣笔下，却是另外一番评价：吉星文在保卫卢沟桥战斗中，虽然也曾被炮弹皮子进伤了头部，但在整个战斗中井不主动有力。7月底，全旅奉上级命令撤退到河北河间县整编时，就免去了吉星文的代理团长职务，送到大后方高级步校学习。他在高级步校学习时加入了国民党特务组织，因此国民党报纸对他大肆吹捧，把他形容成保卫卢沟桥的“英雄”，这并不符合历史的真相。