清末厘金的开征起源于为了镇压太平天国运动筹款。因为清廷无力拨款，只好鼓励地方自己想办法，地方就想到了厘金的法子，只要商品过境就收税。因为是清廷放手让地方自己想办法开征的税，所以这个税一直都是地方自收自支，清廷插不上手，太平天国运动平息后，清廷就想将这个收税的权力收回来，但是此时地方好不容易掌握了收税权，因此推三阻四，直到清亡，清廷也没有能够真正的收回厘金征收的权力。
这个事情让外国人也很恼火，本来他们根据天津条约已经获得了在内地不用再单独缴税便畅通无阻的待遇，但是厘金他们也不得不交。于是他们屡次向清廷施压，但是这个里面的事情太复杂，清廷搞不定地方，地方对待外国人的态度与清廷又有微妙差别。于是，外国人也没办法。
因为地方有了自己的财权，地方政府的独立性日益增强，清廷说话就越来越不好使，以至于最后基本上已经处于失控状态。