蔡正元说，成立黄岩岛自然保护区是“顶级阳谋”！理由有三：一、这是明着告诉美国，不会做军事用途，别拿“军事化”说事；二、不会填海造陆，因为自然保护区是要维持生态，维持现状就是最好的保护；三、自然保护区不准非法捕鱼，这下把菲律宾的 “渔权牌” 给废了。

2025年9月9日，国务院批复同意新建黄岩岛国家级自然保护区。10日国家林草局公布具体情况：保护区位于海南省三沙市，面积3523.67公顷，分核心区1242.55公顷和实验区2281.12公顷，主要保护对象是珊瑚礁生态系统。这之前，中国有关部门做过黄岩岛海域生态环境状况调查评估报告，记录了当地珊瑚种类和重点保护动物情况，为设立保护区提供了依据。

蔡正元在节目和社交平台上针对这个保护区发表看法。他把这事称为“顶级阳谋”，并列出三点理由。第一点，他说设立保护区等于公开告诉美国，中方在这里的活动以生态维护为主，不会搞军事建设。这样就直接回应了外部长期以来关于“军事化”的说法，避免给对方留炒作空间。保护区性质摆在那里，军事用途自然不沾边，外部想拿这个话题做文章就没那么容易。

第二点，他指出自然保护区要求维持现有生态状况，所以不会进行大规模填海造陆。现状本身就是最好的保护方式。这符合环保理念，外界如果从环境破坏角度挑刺，就站不住脚。同时也把未来可能的工程活动限制住了，维持原样就是实际操作方向。

第三点，他认为保护区严格禁止非法捕捞行为，这直接针对周边国家在该海域的捕鱼活动，等于把对方常用来施压的渔业权益牌限制住了。今后中方执法有明确依据，任何未经许可的进入都可以按规定处理。这三点连起来，在军事、环保和执法层面形成配合，让中方在南海相关事务里占据更有利的位置。

蔡正元分析时强调，这种做法公开透明，又依法管理。保护区设立后，强化了对违法违规行为的监管执法力度，确保珊瑚礁生态系统得到维护。黄岩岛海域有典型的珊瑚礁生态，鱼类资源丰富，但长期面临非法捕捞等压力。设立保护区就是通过制度安排，把生态保护落到实处，同时在实际管理中掌握主动。

保护区设立后，菲律宾外交部发表声明表示强烈抗议，重申自身立场。菲律宾国家安全顾问等官员也出来说话，说中国不是为了保护环境，而是找借口占领，还声称只有菲律宾才有在该区域设立环境保护区的专属权力。美国国务卿卢比奥发表声明，支持菲律宾，反对中国行动，称这一举动破坏地区稳定，是胁迫性企图，牺牲邻国利益，包括阻止菲律宾渔民进入传统渔场。他还提到2016年仲裁庭裁决，要求中国遵守。

中国外交部发言人回应，不接受菲方无理指责，指出黄岩岛是中国固有领土，建立保护区是中方主权范围内的事务，目的是保护生态，敦促有关方面停止侵权挑衅。中国方面继续加强海域巡航和执法，相关机构发布生态环境调查报告，推进监管措施落实。保护区强调严格执行自然保护区条例，强化对各类违法违规行为的监管执法。

菲律宾方面持续表达不满，但实际行动受到更多限制。国际上，美方等表达支持菲律宾的立场，中国则按照国内法和相关规定推进保护区管理。2025年9月保护区设立后，菲律宾曾组织公务船只在黄岩岛附近活动，中方海警依法处置，维护管辖秩序。2026年初，美菲还在黄岩岛附近海空域举行海事合作活动，中国则继续加强巡航，局势保持在管控范围内。

黄岩岛自然保护区设立的背景，是中国长期以来对南海生态的重视。黄岩岛是中国中沙群岛一部分，环礁地形特殊，潟湖生态脆弱。过去一段时间，菲律宾渔民在该海域的捕捞活动比较频繁，有些行动被指带有政治目的，导致渔业资源和珊瑚礁面临压力。中国发布生态环境调查报告后，用数据说明实际情况，再通过保护区形式把管理规范化。这一步既保护了生态，也让执法有更清晰的法律支撑。