主权与国家利益：成员国对国家主权的重视使得在军事事务上难以完全统一。许多国家担心联合军队可能影响其自主决策权，特别是在军事行动的指挥权和预算分配方面。

预算与资源分配：建立和维护一支联合军队需要大量资金投入。成员国在预算分配上存在分歧，担心资源被不公平分配或用在不符合自身利益的项目上。

法律与制度差异：各成员国的军事法律、指挥体系和作战规则存在差异，协调统一的作战指挥和行动机制面临挑战。

战略与目标不一致：不同国家对欧盟军事行动的优先级和战略目标存在差异，难以形成统一的行动方向。

政治意愿与合作意愿：一些成员国对加强欧盟军事合作持谨慎态度，担心引发地区紧张局势或削弱北约等传统安全合作框架。

既有安全架构的竞争：北约作为主要的欧洲安全保障机构，成员国在参与欧盟联合军队的同时，也要考虑与北约的关系和合作。

尽管欧盟在增强自主防务能力方面不断努力，但这些结构性和政治性的障碍依然是实现“联合军队”目标的主要难题。