直通车始发站点设在丽江机场，并在丽江现代花卉产业园、丽江火车站、丽江古城、束河古镇、白沙古镇、玉湖村、东巴谷和雪山观光火车站设有站点，其中，丽江古城设有两个站点，分别在南门和北门，方便乘客选择。