吴三桂起兵反清后，他的儿子吴应熊在北京的命运也走到了尽头。吴应熊是吴三桂与原配张氏所生的长子，顺治十年（1653年），清廷为了牵制吴三桂，将皇太极之女建宁公主下嫁给他。这场联姻看似风光，实则是清廷的质子制度，吴应熊婚后必须长居北京，名为额驸，实为朝廷的人质。
在北京的二十余年里，吴应熊过着表面奢华实则受限的生活。他被授予三等精奇尼哈番的爵位，后又升至太子太保，时常出入宫廷，参与朝政讨论。顺治十八年（1661年），顺治驾崩后，吴应熊还以额驸身份主持丧仪，可见其在朝廷中的特殊地位。然而，这种荣宠始终笼罩着阴影，清廷对他的监视从未松懈。康熙初年，辅政大臣鳌拜曾密令刑部对他的府邸进行突袭检查，虽未查获实证，却也暴露了他的尴尬处境。
康熙亲政后，决定削藩。康熙十二年（1673年），平南王尚可喜主动请求归老辽东，康熙趁机下令全面撤藩，引发吴三桂的强烈反弹。同年11月，吴三桂在云南昆明起兵反清，自称“天下都招讨兵马大元帅”，三藩之乱正式爆发。消息传到北京，朝野震动。大学士索额图建议处死吴三桂在京亲属以儆效尤，而户部尚书米思翰则主张先拘禁吴应熊，观察局势变化。康熙最终决定先将吴应熊及其子吴世霖软禁于府中，派侍卫严密看守。
被软禁的吴应熊认为自己不会被处死。他觉得自己身为皇亲国戚，多年来表现也算恭顺，康熙会利用他来招降吴三桂，最多将其终身监禁。然而，康熙得到了一个让他震怒的消息：从吴三桂军营中截获的密信显示，吴应熊曾暗中向吴三桂传递军事情报。这些密信成为压垮吴应熊的最后一根稻草，康熙决定处死吴应熊父子。
康熙在会议上痛斥吴三桂“背恩反叛，天地不容”，强调“不诛应熊，无以儆效尤，无以断三桂之念”。尽管索额图等大臣仍主张暂缓行刑，但康熙反驳道：“三桂蓄谋已久，非应熊所能劝回。诛应熊，则贼胆寒，而军心固也。”康熙的决策有着深层的政治考量：处死吴应熊可以彻底断绝吴三桂的幻想，震慑其他藩王，稳定后方人心，展示平定叛乱的决心。
行刑当日，北京百姓纷纷涌向刑场围观。据《北京竹枝词》记载，刑场设在菜市口，“额驸囚车过街头，百姓争观皆叹息”。建宁公主得知消息后，披头散发冲向皇宫，跪在太和殿前痛哭求情：“陛下杀应熊，是绝臣妾之后也！”康熙虽于心不忍，但最终还是拒绝了她的请求。吴应熊临刑前神色平静，写下绝笔信给吴三桂：“父既叛清，儿亦难苟活。愿父早悟，勿再涂炭生灵。”随后，他从容就刑，时年44岁。其子吴世霖年仅13岁，也一同被处死。
吴三桂得知儿子被杀后，“捶胸大哭，几至昏厥”，随后大病一场。原本计划北上进攻河南的吴军暂缓行动，给了清军喘息之机。康熙趁机调整战略，最终平定了三藩之乱。吴应熊被杀，断绝了其他藩王的观望态度，尚之信和耿精忠先后投降，三藩联盟瓦解。
回望吴应熊的一生，他始终处于清廷与吴三桂矛盾的夹缝之中。作为儿子，他无法摆脱与吴三桂的血缘联系；作为额驸，他又必须效忠于清廷，这种双重身份注定了其悲剧命运。现代历史学家孟森在《清史讲义》中评价道：“应熊之死，非因其有罪，实因其为三桂之子。在皇权与藩权的殊死斗争中，亲情不过是牺牲品。”建宁公主在丈夫和儿子死后，虽仍享有公主待遇，却终日郁郁寡欢，于康熙四十三年（1704年）病逝，年63岁。
