抗战时期，中日佛教界也发生了激烈的对抗，日本佛教界大部分宗派积极追随军国主义政府，为侵华战争服务。一边宣传中日佛教“同出一宗”，中日两国“同文同种”等亲日思想，一边在日本国内提倡“忠皇爱国”，派遣随军僧战地传教、祈福、为阵亡的日本军人超度等。而中国佛教界奋起抗争，对日本侵略者发动反击，积极投身爱国救亡运动。
1941年，日本各个宗派的高僧在高野山进行了声势浩大的法会，意图使用“调伏大法”，召唤“大元帅明王”，对中国军民进行震慑、打击。大元帅明王法是由唐代密宗传至日本的一种密法，日本认为曾经忽必烈试图东征日本却因为台风而失败，就是大元帅明王在护佑日本。
通过仪轨的内容，可以看出日本对当时国际形势的显得相当焦虑，包括：英美两国援助当时的国民党政府（日本称为“蒋阀”）以及各国抗拒大东亚共荣圈等状况，认为这场战争是日本的“旷古国难”。祈求通过法会“调伏敌性，东亚共荣”。
此事传到中国，令许多人感到坐立不安。国民党元老戴季陶、林森向蒋介石建议，针锋相对地在陪都重庆举办一场“护国息灾法会”，激励国民的抗战士气。 最终由国民政府主席林森出面，邀请104岁的汉传佛教禅宗高僧虚云老和尚（图7）与藏传佛教噶举派的贡噶活佛主持这场法会。
根据中方的记载，这场护国息灾法会的举办地点是在重庆南岸狮子山慈云寺。 法会共设有显教与密教两坛，其中上午显坛是虚云和尚主持，下午密坛由贡噶活佛主持，贡嘎活佛请主坛大白伞盖佛母、督噶活佛请主坛大黑天、虚云法师请主坛水陆道场、能海法师请主坛大威德金刚。祈祷抗战胜利，世界和平，并追悼阵亡将士和死难同胞。
不过举办法会救国一事在社会上和中国佛教界内部也有许多争议，很多人对经咒救国持怀疑的态度。在1936年底，佛教界就在上海举办过盛大的护国息灾法会，有些僧青年调侃道：“日本侵略者的飞机炸弹的魔力，总要比法会的”法力“更胜一筹吧。”，也有很多僧人认为，比起念经祈祷，还是参加军事训练并投身战场更实际一些。许多僧人选择脱去僧袍参军，不愿杀生的也组成了僧侣救护队救助伤兵，许多高僧则举办各种筹款活动以助力抗战。包括主持护国息灾法会的虚云和尚在内也积极鼓励僧人还俗投军，认为心中有佛，出入聚散，无非因果，报国也是报佛。四川什邡罗汉寺有51名僧人参加了中国远征军并全部牺牲。五台山也有1000多男女僧人投身抗战。
图1-图6：日本方面对法会的仪轨记载
图8：日本随军僧超度战死的日本兵
图9：日本僧侣接受军事训练
图10：主持护国息灾法会的虚云和尚
图11：主持护国息灾法会的贡嘎活佛
图12-15：五台山僧人成立的抗日自卫队和尚连
图16：五台山禧炳和尚向政府献枪枝弹药
图17：和尚连的僧人战士盘查过往行人
图18：淞沪会战期间，上海佛教慈善团体，首先组织“僧侣救护队”全体人员一共120人，由宏月法师领队，内分三大队、分队长、队附、队员，全由僧侣担任。分队以上有总务、队务、救护三组，各组长、干事和分队长，均由上海慈联会函聘。图为上海僧侣救护队开赴前线服务。
