在南京大报恩寺遗址公园南侧不远处，有座面积不大的建初寺。此处原为大报恩寺三藏殿，殿后有塔，塔中藏有唐代高僧玄奘大师（西游记中唐僧原型)顶骨舍利。 北宋太宗时，天禧寺僧人可政，从陕西紫阁寺得玄奘顶骨舍利，迁葬于此。明代洪武至永乐年间，先后建起玄奘塔、三藏殿，后塔、殿与大报恩寺琉璃塔一起毁于太平天国战火。 1942年，日军在玄奘塔遗址发现了地宫内保存的玄奘顶骨舍利。原打算偷运回日本，后消息泄露，迫于舆论压力，将之分成三份，分别藏于南京、北京、日本。1943年，南京伪政府在九华山顶新建一座方形砖塔玄奘塔，用以供奉南京的那份玄奘顶骨舍利。 现存三藏殿为清代同治年间重建，两进，前殿面阔五间19.8米，进深十三檩15.5米，后殿面阔五间18米，进深九檩12.7米，硬山顶。建筑占地面积891平方米。建筑基本保存完好。 2014年，经中国佛教协会批准，利用原三藏殿复建了建初寺。 建初寺，大报恩寺的前身，始建于孙吴时期，南方最早建立的佛寺，江南佛教中心道场之一。最早的建初寺，毁于战火以后，历代不断有重建，又屡次被毁，寺名也多次更改，晋代时为长干寺，南陈为报恩寺，宋改天禧寺，明为大报恩寺。