在中学历史书的表述里，普遍记载袁世凯出任山东巡抚期间，以铁腕手段镇压义和团，致使发源于山东的义和团组织难以立足，纷纷向北迁徙，涌入京津直隶一带活动，成为庚子乱局的重要推手。实际上袁世凯刚上任之时，并非上来就全力剿杀拳民，其决策经历了一段关键的摇摆与权衡过程。
1899年，前任山东巡抚毓贤因纵容、招抚义和团，默许拳民仇教灭洋、冲击洋人与教堂，引发列强强烈外交抗议，遭到清廷罢免。正是在中外舆论压力并存的局面下，袁世凯临危受命，接任山东巡抚，接手动荡混乱的山东局势。
但彼时清廷中枢对义和团的态度始终摇摆不定，下发给袁世凯的谕旨给的是”剿抚兼施、区别对待“的模糊原则。这一指令极具官僚阶层特有的弹性，既给予地方督抚自主处置的空间，也为后续局势恶化后的追责预留了余地。更关键的是，朝中载漪、载勋等主战皇族势力极力扶持义和团，企图借拳民对抗列强、巩固自身权位，朝堂内部派系对立严重。深谙官场规则的袁世凯不敢贸然站队，故“迟回审顾、犹豫未决”，迟迟不敢敲定对义和团的处置方略。
就在袁世凯进退两难之际，时任山东布政使张人骏的一番进言，彻底点醒了他，成为其决策的关键转折点。张人骏直言：“古来邪说惑众、妖妄聚众之徒，从未有能成大事、定天下者。公若料义和团可成气候，则不妨招抚包容；若知其必败无疑，便当早定大计，坚决肃清，毋受牵连。”
此番通透的时局剖析，让袁世凯彻底摒弃了对招抚义和团的幻想，下定决心以强硬手段彻底剿灭拳匪。此后他依托自己编练、装备精良、军纪严明的北洋新建陆军，在山东全境展开地毯式清剿，严厉取缔各类拳坛、拳会，严惩滋事拳民。同时，他专门派兵驻守保护各地洋人、教堂及教民，杜绝民教冲突再生。在其强力管控下，山东迅速恢复秩序，成为1900年庚子之乱中，华北唯一远离战火、局势最为安定的省份。大批山东义和团民众为躲避清军围剿，被迫北上涌入直隶、京津地区，进一步激化了京城的局势矛盾。
事实上，坚决反对纵容义和团、抵制朝廷盲目排外政策的地方大员，并非只有袁世凯一人。东南各省封疆大吏大多洞悉时局，深知义和团乱局必将引致巨祸，纷纷公开表态反对朝廷招抚拳民、对外启衅的决策。
湖广总督张之洞率先致电中枢，直言义和团“借闹教而作乱，专为国家挑衅”，并沉痛预言局势失控后“大局将难收拾”。两江总督刘坤一则直接定性，称义和团“名为忠义，实为叛逆”。
1900年6月，京津局势彻底失控，慈禧太后在主战皇族的裹挟下，正式下诏向十一国列强宣战，同时颁布谕旨，责令全国各省“集义民御外侮”，要求地方督抚招募义和团拳民，协同抵御外敌。而东南督抚集体选择抗命不从。
时任两广总督的李鸿章率先回电，以“廿五矫诏，粤断不奉”明确拒旨，后来广为流传的“此乱命也，粤不奉诏”，则是后世对其电文的概括与修改了。
因为李鸿章率先回电，后来成为了东南督抚抗命的标志性表态。当实际上相较于李鸿章的委婉拒旨，张之洞、刘坤一的态度更为坚决，二人联名上奏恳请慈禧三思，直言痛陈：“从古无乱民横行惨杀而可以治国者，亦未闻无故与六七强国一同开衅而可以自全者。”深刻指出纵容乱民、多国宣战的双重亡国危机。
在此次抗命自保的核心人物，则是时任铁路大臣和全国电报局督办的盛宣怀。他利用职权直接下令全国各电信局扣押清廷宣战及招抚拳民的谕旨，延缓乱命传播，同时紧急联络李鸿章、张之洞、刘坤一等督抚，奔走斡旋，牵头促成东南各省统一立场、联合抗命。
1900年6月26日，在刘坤一、张之洞牵头，盛宣怀统筹联络下，以两江、湖广、两广、闽浙、山东等东南及华北富庶省份达成共识，以上海道道员余联沅为中方全权代表，与各国驻沪领事正式磋商，签订《东南互保条约》（含《东南保护约款》九条及《保护上海城厢内外章程》）。双方明确约定：东南各省严守地界、保境安民，不主动与列强开战；各国列强承诺不在东南各省用兵、不侵扰地方，由此实现南北战局隔离，也让富庶的东南半壁江山免遭战火荼毒。
实际上东南督抚的自保布局远不止签订条约。为应对八国联军攻破京师、清廷政权倾覆的最坏局面，东南各省大员私下达成秘密共识：一旦中央政权彻底崩塌，便实施联邦制并共同推举李鸿章出任临时总统，主持全国大局、维系中外秩序、接管善后事务。
地方督抚公然无视中央宣战诏令，私自与外国缔约停战，甚至提前议定中央覆灭后的国体和国家最高执政人选，这在中外历史上都是空前罕见的变局。这一现象充分说明1900年的清王朝，中央集权体系已然彻底崩塌，皇权权威彻底瓦解，虽未正式亡国，实则统治根基已然覆灭。
1900年8月，八国联军攻破北京，慈禧太后携光绪帝仓皇西逃西安。逃亡途中，慈禧为挽回残局、向列强示好，于同年9月7日颁布罪己式上谕，彻底推翻此前的排外政策，明确定论：“此案初起，义和团实为肇祸之由，今欲拔本塞源，非痛加铲除不可。”正式认定义和团为祸乱根源，下令全国彻底剿灭拳民。
庚子之乱落幕《辛丑条约》签订后，清廷对朝野官员进行全面清算，最终的处置结果极具讽刺意味：当初抗旨不遵、推行东南互保的李鸿章、张之洞、刘坤一、袁世凯、盛宣怀等地方大员，不仅未被追责，反而得到清廷重用，成为清末新政的核心骨干。而当初极力扶持义和团、主战排外的端王载漪、前山东巡抚毓贤等皇族与官员，悉数被定为祸首，或革职流放、或赐死正法，落得身败名裂的结局。
毓贤