1953年9月，麦卡锡通过他的好友联邦调查局局长胡佛，要联邦调查局调查中情局人员科德・迈耶的情况。

迈耶是艾伦・杜勒斯在1951年亲自招募到中情局来工作的。按照杜勒斯的说法，“迈耶具有创业时代中央情报局人员的典型气质：严格按照自己的信仰办事，坚信美国的正义和个人自由，一旦要为美国的自由去斗争，他会不顾一切地去奋斗。”

迈耶对艾伦・杜勒斯佩服得五体投地。他对人说：“杜勒斯在我心目中的印象，是我立志投身于中央情报局的决定因素。他快乐和坦率的外表下有着一种孜孜不倦的探索精神，他有着丰富的之十，有这样一位之十渊博的人来掌舵，是值得在中央情报局工作的。而且杜勒斯还是在别人最困难时乐于助人的最忠诚、最勇敢的朋友。”

正因为迈耶是艾伦・杜勒斯亲自招募的，而且对他又是死心塌地地追随，所以，不出迈耶所料，杜勒斯再次顶住了麦卡锡的挑战，他拒绝联邦调查局的人来审问迈耶。他坚持说：“迈耶是中央情报局人员，他是否是又一个‘希斯’，这只能由中央情报局自己来处理。”为此，杜勒斯召集了一次旁证会进行内部调查，这样做就可以推卸责任，以免日后被人指责是在包庇下属人员。

感恩节那天，迈耶突然接到艾伦・杜勒斯的电话。杜勒斯向他表示祝贺。他说：“我给你带来了一条好消息。对你的秘密审查工作已经结束，宣布你无罪，根据总顾问和安全处处长的建议，认为你继续在中央情报局工作符合国家的安全利益。”1954年，迈耶又被任命为计划处国际组织科科长。

艾伦・杜勒斯保护迈耶的消息很快在中情局内和首都华盛顿传开了。艾伦・杜勒斯的行动和他当国务卿的哥哥约翰·杜勒斯形成了鲜明的对照。艾伦敢于顶住麦卡锡的嚣张气焰，而约翰却没有勇气这样做。有人开玩笑地说：“中央情报局是艾伦的中央情报局，而国务院却不是约翰的国务院。”

艾伦・威尔逊・杜勒斯

其实，艾伦・杜勒斯也是迫不得已。如果任由麦卡锡往自己脸上抹黑，对走卒坐视不顾，那么谁还肯为他杜勒斯卖命呢？从根本上说，杜勒斯与麦卡锡在反动立场上并行不悖，他们之间的勾心斗角只是为了争权夺利。面对自己的“地盘”受到侵害，杜勒斯特地挑选柯克帕特里克和赫尔姆斯对付麦卡锡的调查。

他们采用两种方法来对付：一种方法是，趁机清除那些从安全角度考虑“不可靠的人”，同时，把清洗的责任全都推到麦卡锡的身上；另一种方法是借保密法之名，坚持局内调查，不向麦卡锡提供可能被他抓住把柄的材料，以保护“忠诚者”。

由于史密斯是自己的老上级，因此杜勒斯接受了一些史密斯安插到中情局的麦卡锡的朋友们，但与此同时，杜勒斯忙于把自由派人物网罗进来，其中包括特雷西・比斯尔、莱曼・柯克帕特里克、托马斯・布雷登。

艾伦・威尔逊・杜勒斯

艾伦・杜勒斯斗赢了麦卡锡，使中情局在社会上的声誉顿时提高了，吸引了许多社会上的精华力量和名牌大学毕业生，他们纷纷加入到这个秘密机构中来，内部士气十分高涨。杜勒斯在中情局内暗中培养一种“团结”精神，他鼓励中情局人员之间的婚姻（一个优点就是，双方都经过安全甄别），同时还鼓励组织桥牌俱乐部，以促进组织的凝聚力。

麦卡锡主义造成了一个引人注目的结果：在史密斯和艾伦·杜勒斯担任中情局局长期间，在一些重大的、关键性的问题上，中情局取代了国务院的作用，执行着美国的对外政策。中情局在国内的地位和威望的提高，为艾伦・杜勒斯从事隐蔽行动创造了有利条件。国务院与中情局如此亲密的关系，使后者能够轻而易举地挫败了国会成立某些委员会来监督其活动的企图。艾伦・杜勒斯曾经相当自信地说：“同世界上任何其他国家的情报相比，我们的情报在政府中享有影响更大的地位”。