麦克阿瑟私生活糜烂，有一个外号“梅毒司令”，他的崇拜者后来说：可能是他晚年梅毒病毒侵入了他的脑袋，才会轰炸鸭绿江大桥。 麦克阿瑟在菲律宾任职期间与当地欧亚混血女演员伊莎贝尔·罗萨里奥·库珀保持长期关系。两人关系维持数年，后因媒体可能曝光而通过支付费用终止。1945年日本投降后，麦克阿瑟以盟军最高司令身份驻东京，权力覆盖日本占领事务。为减少盟军士兵对日本平民的性暴力，日本当局在东京警察厅支持下成立娱乐娱乐协会，于1945年8月23日组建，获得日本兴业银行贷款，招聘大量女性提供性服务。 协会运作期间，美军性病病例迅速上升，主要为淋病和梅毒。军方医疗记录显示感染率较高，部分单位超过一半。青霉素虽用于治疗，但供应有限。1946年1月21日，麦克阿瑟总部下达指令，宣布许可妓院违背民主原则。3月25日，所有相关场所对盟军人员实施禁入，协会随之解体。禁令后，性暴力报告数量上升，性病控制难度加大。 “梅毒司令”这一称呼在占领军内部和相关圈子流传，源于当时性病泛滥及麦克阿瑟个人早年私生活记录。军方档案显示高层人员接受青霉素治疗，但没有公开证据表明他本人患梅毒。 朝鲜战争期间，1950年9月仁川登陆成功后，联合国军向北推进。11月初，中国志愿军入朝参战，麦克阿瑟要求空军轰炸鸭绿江桥梁以切断补给。华盛顿方面指示仅限轰炸朝鲜一侧桥梁，不得进入中国领土或领空。麦克阿瑟坚持执行，调集B-29轰炸机群对新义州等处桥梁实施打击。此举与白宫有限战争政策冲突。 他的支持者在私下讨论中，将这种固执行为归因于晚年健康因素，特别是疾病可能影响神经系统判断。这一解释在当时流传，但缺乏直接医学证据支持。 1951年4月11日，杜鲁门总统解除麦克阿瑟联合国军总司令、远东总司令及驻日盟军最高司令职务。他在东京收到电报后平静收拾行李。4月19日在国会两院联席会议发表演讲，引用军营老歌歌词结束其军旅生涯。 回国后受到公众欢迎，参加多地集会。1952年接受雷明顿兰德公司董事会主席职位，长期居住纽约华尔道夫酒店。晚年健康状况下降，患前列腺问题和胆道性肝硬化。1964年4月5日在华盛顿沃尔特·里德陆军医疗中心去世，享年84岁。葬礼按国葬规格举行，遗体在国会圆形大厅供公众瞻仰，后安葬于弗吉尼亚州诺福克麦克阿瑟纪念馆。